¿Puedo tener un departamento sin jefe?

No. Todos los departamentos de la empresa deben tener un jefe para poder configurar las relaciones entre empleados y crear las evaluaciones.
Los jefes se definen durante la configuración (setup) inicial de la empresa. Si un departamento de su empresa no tiene un jefe, puede cargar un empleado (individualmente o durante la carga masiva) con un nombre y correo ficticio y ubicarlo como jefe del departamento, pero siempre es estrictamente necesario para el sistema que todos los departamentos tengan un jefe.